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全方位表观遗传调控研究技术—金开瑞生物

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全方位表观遗传调控研究技术—金开瑞生物 027-88189683 | marketing@genecreate.com | English 简体中文 登录  /  注册    关注微信 菜单 首 页 关于金开瑞 公司简介 总经理寄语 专家团队 宣传视频 组织框架 企业文化 荣誉资质 科研成果 技术服务 基因服务 常规基因合成 快速基因合成 定点突变 亚克隆 载体构建 质粒DNA制备 酵母双/单杂交 引物合成 普通引物合成 修饰/标记引物合成 RNA合成 基因组/代谢组 三维基因组 ATAC-seq 代谢组学 蛋白表达/抗体定制 蛋白表达 抗体纯化 多克隆抗体定制 保证型单克隆抗体定制 保证型多克隆抗体定制 噬菌体平台服务定制 单克隆抗体定制 抗体修饰 小分子抗体定制 免疫试剂盒及胶体金定制 重组抗体表达 检测分析服务 免疫学检测 细胞学检测 分子生物学检测 双荧光素酶报告基因 病毒包装 腺病毒包装 慢病毒包装 腺相关病毒包装 稳转细胞株构建 蛋白质组学分析 iTRAQ定量蛋白质组学 SWATH定量蛋白质组学 SILAC定量蛋白质组学 Label-free定量蛋白组学 相互作用蛋白质组 蛋白质组全谱鉴定 目标蛋白质组分析 磷酸化蛋白质组鉴定 蛋白翻译后修饰位点鉴定 蛋白胶点、胶条鉴定 蛋白复合体鉴定 MRMHR/PRM 综合项目服务 FISH RIP RNA pull lanugo GST pull-down miRNA靶基因的预测与验证 lncRNA研究 研究方案 表观遗传机制 非编码RNA 多组学联用 外泌体 细胞研究 基因编辑 分子互作研究 技术支持 常见问题与解答 技术专题 合作流程 下载中心 新闻中心 公司新闻 行业动态 促销信息 联系我们 联系方式 招贤纳士 您现在所在的位置：主页 > 研究方案 > 表观遗传机制     研究方案 表观遗传机制 表观遗传学简介 转录前调控研究技术 转录后调控研究技术 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科。DNA甲基化(DNAmethylation)、组蛋白修饰(histone modification)、基因组印记(genomic imprinting)、RNA编辑(RNA edi-ting)、基因沉默、核仁显性、休眠转座子激活和性别相关性基因剂量补偿效应等都是典型的表观遗传现象。 表观遗传调控研究技术分为转录前调控研究技术和转录后调控研究技术。转录前调控研究技术主要包括：MSP、BSP、ChIP、EMSA、DNA Pull down、酵母单杂交（Y1H）；转录后调控研究技术主要包括RIP、RNA Pull lanugo 、双荧光素酶报告系统等。 金开瑞致力于ChIP、EMSA、DNA/RNA pulldown、RIP、双萤光素酶系统、MSP（甲基化特异性PCR法）、BSP(亚硫酸氢钠处理后测序法)、MeDIP-seq等实验技术服务。除了提供优质的技术服务外，我们还可以为您提供表观遗传学整体项目设计，整体项目实施，整体项目跟踪服务，金开瑞多年的实验和项目管理经验，将助力您表观遗传研究。 整体研究框架 差异表达分析： NGS 基因芯片 转录前调控： 生物信息学分析—ncRNA靶分子预测 MSP/BSP MeDIP-seq ChIP EMSA DNA pull lanugo 酵母单杂交（Y1H） 在体水平： Cas9基因编辑动物 裸鼠成瘤 动物行为 活体成像 目标分子筛选、鉴定、定位等 分子机制研究 功能研究 表达验证： q-PCR WB 定位分析： 胞核分离 FISH 转录后调控： RIP RNA pull lanugo 双荧光素酶报告系统 细胞水平： 凋亡 增殖/周期 侵袭/迁移 粘附 自噬 MSP(甲基化特异性PCR) 甲基化特异性是指用亚硫酸氢钠处理基因组DNA，未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，然后用3对特异性的引物对所测基因的同一核苷酸序列进行扩增。扩增产物用DNA琼脂糖凝胶电泳，凝胶扫描观察分析结果。 技术流程 提取基因组DNA，并定量   亚硫酸氢钠处理DNA   DNA修饰纯化后回收   引物设计合成，PCR检测   琼脂糖凝胶电泳 技术运用 (A): Methylation specific PCR of CASP8, MASPIN, TMS1 and MDR1 in prostate cancer cells. DNA from prostate cancer cells were Bisulfite modified using EZ methylation kit (Zymo Research) and then PCR washed-up using methylation specific primers and unmethylation specific primers. Because in the cells sometimes methylated and unmethylated both copies are present, so depending upon the number copies they get amplified. (B): Methylation specific PCR of CASP8, MASPIN, TMS1 and MDR1 in 5-aza-dC (5µM/48hrs) treated prostate cancer cells. (C) Bisulfite sequencing chromatogram of TMS1 gene showing methylation in LNCaP, DU145 and PC3, partial methylation in PC3 and Unmethylation in RWPE1. (B): Diagrammatic representation of methylation pattern of TMS1 and MDR1 gene at variegated promoter positions in RWPE1, LNCaP, DU145 and PC3. Dark circles (●) represents methylated sites, shadowed circles (An external file that holds a picture, illustration, etc.Object name is nihms159165ig1.jpg) represent partially methylated sites and zippo circles (○) represents unmethylated sites in TMS1 and MDR1 promoter region. (Mishra DK, Chen Z, Wu Y, Sarkissyan M, Koeffler HP, Vadgama JV. Global methylation pattern of genes in androgen-sensitive and androgen-independent prostate cancer cells. Mol Cancer Ther. 2010 Jan;9(1):33-45.) 亚硫酸氢盐处理后测序法（bisulfite sequencing PCR BSP） 亚硫酸氢盐处理后测序法：这种方法一度被认为是DNA甲基化分析的金标准。它的过程如下：经过亚硫酸氢盐处理后，用PCR扩增目的片段，并对PCR产物进行测序，将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但需要大量的克隆测序，过程较为繁琐、 昂贵。 技术流程 基因组DNA的提取   亚硫酸氢钠修饰基因组DNA   引物设计及修饰后DNA用于PCR   PCR产物的凝胶回收   PCR产物与T载体的连接和转化、克隆筛选 技术运用 Rad23b and Ddit3 methylation unswayable by BSP. Bisulfite treated DNA was inferential by PCR with BSP primers. PCR products were cloned into the pUC57 vector, and five clones selected and sequenced from each sample. Methylation level was specified as the ratio of methylated CpG sites in all clones. (A) Typical sequencing results; (B) early effects, tissues were placid 2 h postirradiation; (C) wait effects, 1 month postirradiation. *P,0.05 versus control. Wang J, Zhang Y, Xu K, Mao X, Xue L, Liu X, Yu H, Chen L, Chu X. Genome-wide screen of DNA methylation changes induced by low dose X-ray radiation in mice. PLoS One. 2014 Mar 10;9(3):e90804.） MeDIP-seq（甲基化DNA免疫共沉淀测序） MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）测序是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集 基因组上发生甲基化的DNA片段，然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。 技术流程 MeDIP流程图 技术运用Tableauof dA6m DNA immunoprecipitation. Genomic DNA is isolated and any RNAs are eliminated by RNAse treatment. Next, the DNA is fragmented and enriched by DNA immunoprecipitation using an pathogen versus dA6m. The enriched fraction can then be analyzed by subsequent deep sequencing. （Koziol MJ, Bradshaw CR, Allen GE, Costa AS, Frezza C. Identification of Methylated Deoxyadenosines in Genomic DNA by dA(6m) DNA Immunoprecipitation. Bio Protoc. 2016 Nov 5;6(21).） Distribution of genomic DNA fragmentation pattern without sonication. 5 μg of genomic DNA was fragmented in a volume of 300 μl for 35 min with the Diagenode sonicator. The size of the genomic DNA was unswayable by Tapestation analysis, with the D1000 Tapestation reagents. In this sample, the peak of the fragmented DNA was unswayable to be 245 bp. Lower and upper markers are moreover shown. （Koziol MJ, Bradshaw CR, Allen GE, Costa AS, Frezza C. Identification of Methylated Deoxyadenosines in Genomic DNA by dA(6m) DNA Immunoprecipitation. Bio Protoc. 2016 Nov 5;6(21).） 相关技术 染色质免疫沉淀技术 凝胶电泳迁移率 DNA pull lanugo 酵母双/单杂交 RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation）RNA结合蛋白免疫沉淀 RIP 技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA 结合蛋白免疫沉淀）主要是运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA 进行q-PCR验证或者测序分析。RIP 是研究细胞内RNA 与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，可以帮助我们发现miRNA 的调节靶点。 根据客户需求，金开瑞可以提供RNA/蛋白、RNA/RNA互作验证RIP技术服务。 技术流程 载体构建及转染   细胞裂解液获取   磁珠的准备   RNA结合蛋白免疫沉淀   RNA纯化及鉴定（测序） 案例展示 1、使用目的蛋白寻找验证RNA（蛋白/RNA互作） 图. AP-1蛋白与RNA的相互作用RIP 2、使用目的lncRNA寻找验证miRNA（RNA/RNA互作） 图. MS2- RIP实验原理图（表达Lnc-A的质粒富集miRNA1miRNA2的效率比不表达Lnc-A的MS2组明显提高。通过对照，说明MS2-A可以与miRNA1和miRNA2相互结合） RNA pull lanugo 使用体外转录法标记生物素RNA 探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过western suck 实验检测特定的RNA 结合蛋白是否与RNA 相互作用。蛋白质与RNA 的相互作用是许多细胞功能的核心，如蛋白质合成、mRNA 组装、病毒复制、细胞发育调控等。若待检测目的蛋白明确，选择Western suck 鉴定；若不明确，则可选择质谱鉴定。 金开瑞现提供RNA pull lanugo 检测技术服务, 使用特异性二抗进行检测，能有效避免抗体重链对结果的信号干扰。并且金开瑞配套有世界上最先进的质谱仪，能显著提升检测效果。 技术流程 RNA 探针标记   胞浆蛋白提取与探针孵育   与磁珠结合、洗脱   WB检测或者质谱鉴定 案例展示 图. pull down下来的蛋白银染图。根据胶上条带的差异情况和实验目的，选择质谱或者WB鉴定pull down下来的蛋白 图.SDS-PAGE电泳后质谱鉴定 双荧光素酶报告系统 双荧光素酶报告基因用于实验系统中作相关的或成比例的检测，通常一个报告基因作为内对照，使另一个报告基因的检测均一化。检测基因表达时双报告基因通常用来瞬时转染培养细胞，带有实验报告基因的载体共转染带有不同的报告基因作为对照的第二个载体。通常实验报告基因偶联到调控的启动子，研究调控基因的结构和生理基础。报告基因表达活力的相对改变与偶联调控启动子转录活力的改变相关，偶联到组成型启动子的第二个报告基因，提供转录活力的内对照。 使测试不被实验条件变化所干扰。通过这种方法, 可减少内在的变化因素所削弱的实验准确性, 如培养细胞的数目和活力的差别, 细胞转染和裂解的效率。理想的双报告基因方法应该使用户能够以萤火虫荧光素酶所具有的速度，灵敏和线性范围对同一样品中的两个报告基因同时测定。金开瑞应用Promega 公司的双荧光素酶报告基因检测(DLR)系统，提供DLR 检测服务。甲基化特异性PCR（MSP技术）。 技术流程 序列分析   合成或者扩增目的片段亚克隆至目标载体   报告基因质粒、转录因子共转染细胞   荧光素酶反应发光   结果分析 案例展示 图. 双荧光素酶和RIP验证lncRNA可以与miR-26a结合 （C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma. Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. ） 技术服务 基因服务 引物合成 蛋白质组学 病毒包装 蛋白表达 抗体定制 检测分析服务 综合项目服务 研究方案 非编码RNA 表观遗传机制 多组学联用 基因编辑 外泌体 细胞研究 下载中心 订单 询价信息表 技术手册 其他 联系我们 联系方式 加入我们 新版网站 网站地图 友情链接 武汉生之源生物 elisa试剂盒 Cusabio 科赛格 福来生物 酶联免疫试剂盒 华美生物 Flairebio 丁香通 来宝网 Copyright © 2007-2014 武汉金开瑞生物工程有限公司　版权所有　鄂ICP备13017366号-2